在圣诞前夕，在俄罗斯进行了病毒交易，使用目的不明。接著在遥远的日本发生了与之相关的俄国谍报员被杀害事件。在整个事件背後，还存在著一个叫玛雅的 神秘女人和想利用病毒制造恐怖事件的“BLOODY MONDAY”计画，超级骇客高木藤丸接受父亲隶属的公安调查厅的委托，介入该事件并开始著手调查案件真相……